De Kraenepoel is de laatste van tientallen veldvijvers waarmee in de Middeleeuwen het Bulskampveld, het uitgestrekte heideveld van Aalter tot Brugge, bezaaid was. De andere veldvijvers zijn allemaal leeggelaten. De veldvijvers ontstonden in de 13de eeuw door het steken van turf. De overgebleven putten werden later gebruikt om vis in te kweken. Voor het beheer als visvijver was de aanleg van een leegloop- en overloopconstructie in de Kraenepoel nodig.
De Kraenepoel vindt vermoedelijk zijn oorsprong als voormalige veldsteenwinning of turfwinningsgebied in het middeleeuwse Bulskampveld, een open boslandschap met een mozaïek van heide, bos,…. Toen de economische activiteiten in de loop van de 17de eeuw afnamen, vervaagden de contouren geleidelijk aan en vanaf de tweede helft van de 18de eeuw werd het omliggende heidelandschap ontgonnen en omgezet in landbouwgrond of bos.
In het begin van de 19de eeuw kreeg de Kraenepoel zijn huidige vorm. De aanleg van een dijk en een leegloopconstructie lieten toe om de vijver als visteeltvijver te beheren. Door deze inrichting vervaagden diverse aspecten van het vroegere ven- en heidelandschap, terwijl een reeks heide- en venplanten zich toch konden blijven handhaven in de vijver. De combinatie van de cultuurhistorische oorsprong en het voorkomen van kensoorten van voedselarme, zwakgebufferde wateren zorgen voor de huidige unieke status van het gebied. Twee belangrijke gebeurtenissen in de 20ste eeuw zijn de aanleg van Villa Kraenepoel in 1902 op de oostelijke landtong en het opwerpen van een scheidingsdam tussen de zuidelijke en de noordelijke vijverhelft in 1957.
De sterke toename van voedingsstoffen (fosfaten, nitraten) in het water, verkaveling van het omliggende landschap en het wegvallen van het visbeheer zijn de oorzaak van de afbraak van de Kraenepoel in de tweede helft van de 20ste eeuw. Eind jaren negentig probeerden ambitieuze herstelmaatregelen in het kader van een Europees Life-project deze tendens te keren en terug een matig voedselrijke zoetwaterplas te creëren. Sinds 2002 zijn het gemeentebestuur Aalter en het Agentschap voor Natuur en Bos beide eigenaar van de zuidelijke helft. De noordelijke helft is eigendom van een privé-eigenaar.
Omwille van de aanwezige cultuurhistorische elementen en zijn geschiedenis, van vengebied over veldvijver tot visvijver, is de Kraenepoel beschermd als landschap.
