Voor de meeste waterlopen in beheer bij de Vlaamse Waterweg zijn er bermbeheerplannen opgemaakt in samenspraak met het agentschap voor Natuur en bos. Dan gelden er andere voorwaarden en termijnen dan vooropgesteld in het bermbesluit.
Bij de opmaak van een bermbeheersplan wordt zone per zone de aanwezige fauna en flora geïnventariseerd en op basis daarvan wordt dan de meest ecologische periode(s) voor het maaien vastgelegd. In heel veel zones maait de Vlaamse Waterweg daardoor reeds vroeger dan 15 juni, zo vermijden ze dat de bermen overal gelijktijdig moeten gemaaid worden én dit spreidt de werklast bij de aannemers.